Motovunski Novaki si trova su una collina a 333 m sul livello del mare. Nel XIII secolo fu il centro del feudo dei patriarchi di Aquileia e nel 1330 passò a Motovun e alla Repubblica di Venezia. Il suo turbolento passato è testimoniato dai frequenti cambi di sovrani, con soventi e inevitabili conflitti con le aree confinanti. Quest’affascinante zona era abitata già in epoca romana. Nel XIV secolo, i rifugiati croati arrivano qui in fuga dall'esercito dell'Impero Ottomano. Dopo il dominio veneziano, Motovunski Novaki appartenne alla famosa famiglia Polesini, che qui costruì un palazzo, di cui è rimasto solo il portale.
La Chiesa Parrocchiale di S. Marina a Motovunski Novaki è stata costruita nel 1879 sul sito di una chiesa più antica risalente al XVI secolo.